O X-Digimon, um novo tipo de Digimon, é caçado pelos cavaleiros reais que protegem o mundo digital. Seu mestre, o superintendente da rede Yggdrasil, pretende pôr em prática o Projeto Arca de renovar o mundo digital e criar novo Digimon, mas à custa de todos as outras vidas digitais. X-Digimon vai buscar as respostas para sua própria existência enquanto tenta proteger a vida de todos os Digimon, de um jeito que vai mudar o mundo digital para sempre.
Após os acontecimentos de Digimon Adventure 02, tudo está finalmente voltando ao normal. Até que um ícone estranhamente familiar começa a mostrar-se em sistemas de computadores ao redor do Japão. E não apenas os sistemas de computador ... TVs, celulares, jogos de vídeo; qualquer coisa com uma tela com recursos on-line. E este ícone parece estar procurando por alguém ... Yagami Taichi, e Ishida Yamato, que o derrotou vários anos antes. Então percebe-se que este digimon é, de fato Diablomon, o tipo de vírus Digimon que foi derrotado em "Bokura no War Game". Mas desta vez, ele aprendeu a tornar-se físico, e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.
Depois de perder o jogo titânico contra a escola Kainan, a equipe Shohoku e um recém-raspado Hanamichi Sakuragi são desafiados para uma partida de exibição pelos virtuais desconhecidos do basquete da escola Ryoukufu. Treinador Anzai vê isso como uma oportunidade para Shohoku recuperar a sua confiança, mas Ryoukufu revelam ter um recém-montado lineup de calibre de campeonato, e podem dar Sakuragi & Compania um teste mais difícil ainda.
Taison Maeda's Teiken High School class goes on a field trip to the Kansai region of Japan, which is where Taison is from. Taison's little brother Youkou sent a message to Taison & his older brother Fujio that their father, Monson, is sick and that they should return home to visit him. This trip back will also allow Taison to put some closure on his past regarding his friend Naoto & his ex, Haruka.
