A história de Hotarubi no Mori e se foca em uma pequena garota chamada Hotaru. Ela se perde em uma floresta que popularmente é dita como uma floresta em que se reside vários espirítos. Na floresta Hotaru se depara com um jovem utilizando uma máscara de raposa. Ele se diz um espiríto com uma maldição que no momento que um humano tocá-lo ele irá desaparecer.”
Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
