В современном мире был создан виртуальный мир, зовущийся Цифровым. Дигимоны — обитатели этого мира — живут тут и радуются жизнью. Но внезапно мир обернулся в хаос. Причина тому — Иггдрасиль, создатель всего живого в виртуальности, который разработал «X-программу». Её целью является уничтожение всех и вся, дабы на месте этого мира создать новый, специально для одного-единственного существа. Однако на это самое существо открыли охоту «Королевские рыцари» — приспешники Иггдрасиля и защитники Цифрового мира.
После событий, произошедших во втором полнометражном фильме, все наконец-то налаживается, если не считать того, что уже знакомый всем вирус вновь начинает появляться в компьютерных системах Японии. И не только на компьютерах, а также телевизорах, мобильных устройствах, видео-играх имеющим доступ в интернет. Кажется, этот вирус пытается найти кого-то. И этот кто-то Ягами Тайчи, и Исида Ямато, которые одержали над ним победу несколько лет назад. Получается, что этот Дигимон-медуза на самом деле Дигимон Дьяволомон, типа вирус, который был побежден во втором полнометражном фильме. Но на этот раз, он научился создавать своих клонов, и отправлять тысячи своих копий в реальный мир. Куширо и Кен начинают разрабатывать план, который избавит мир от вируса раз и навсегда. Для этого им необходимо объединить всех друзей, ведь только совместными уcилиями возможно победить сильного противника.
Тренер Анзай, после первого поражения в отборочных играх национального чемпионата Японии, для восстановления духа команды Сехоку, принимает предложение от только что сформированной команды Рекуфу о тренировочном матче.
Taison Maeda's Teiken High School class goes on a field trip to the Kansai region of Japan, which is where Taison is from. Taison's little brother Youkou sent a message to Taison & his older brother Fujio that their father, Monson, is sick and that they should return home to visit him. This trip back will also allow Taison to put some closure on his past regarding his friend Naoto & his ex, Haruka.
