Kenji (voice)
Nerawareta Gakuen nos sitúa en la ciudad de Kamakura. Allí, la llegada de la primavera da el pistoletazo de salida a un nuevo curso escolar en un instituto de la ciudad. Para dicho curso se incorpora Ryoichi Kyogoku, un nuevo estudiante transferido que entrará en octavo curso. Este cuenta con una habilidad telepática muy especial, y, siguiendo las órdenes de su padre, hará uso de ella con el fin de escanear la mente de las personas y hacerse con el control de la escuela. Para ello, aprovechará el hecho de volverse popular sin demasiado esfuerzo. Aunque casi toda la escuela se encuentra bajo el efecto del hechizo de Kyogoku, hay un chico, llamado Seki, que parece no verse afectado. ¿Conseguirá Seki salvar a todos del férreo control mental?
Shintarō (voice)
One year ago, Yūta lost his father from a car accident. Now in the 6th grade, Yūta goes to catch a beetle at a dam on a deep mountain. Yūta often went there with his father. There, Yūta meets a strange old man. Due to heavy rain, Yūta slips and falls down a bridge. He becomes unconscious. When Yūta awakes, he sees a child, Saeko, in front of him. Saeko takes Yūta to a village that looks like something that existed 30 years ago. Yūta has the feeling that he went into the past. He also meets Kenzō, who is the same age as Yūta. They promise to go catch a bug the following day. Saeko then takes Yūta to an old house. An old woman there treats Yūta like a cousin. Yūta doesn't know what is going on. At night, the strange old man he met earlier appears and tells Yūta that he will belong to this time period for a month. A precious summer vacation for Yūta begins.
Fuyuki tiene un sueño donde ve figuras en llamas y a la tropa Keroro en gris y termina con una extraña estatua moai llamada "Fuyuki-dono". Cuando se despierta, la chica misteriosa Alisa le lanza una estatua moai exactamente como la de su sueño. Tiene un extraño parecido con Keroro. Le pide a Keroro que lo lleve a la Isla de Pascua, el lugar de origen de los moai, para investigar. Keroro quiere construir una base secreta en la isla y acepta llevárselo.
Primavera de 1955, área de Mitajiri (prefectura de Yamaguchi) al suroeste de Japón. Shinko, una niña de nueve años, descubre que su familia está relacionada con una legendaria provincia denominada Suo, en la que una chica llamada Nagiko asegura haber vivido desde hace 1000 años. Shinko, acompañada por Kiiko, un nuevo compañero del colegio, se adentrará en una mágica experiencia.