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Después de que una nave espacial se estrelle en el puerto de Gotham City, Batman y Superman se encontrarán con un kyrptoniano con poderes a la altura de los del Hombre de Acero. Este personaje resultará ser Kara, primo de Superman. Sin embargo, Darkseid consigue hacerse con el control mental de Kara para hacer frente al Hombre de Acero. Ahora, está en las manos de Batman y Superman el salvar al kryptoniano y derrotar a Darskeid. Como su propio título indica, estará basada en la serie Superman/Batman: Supergirl, a cargo de Jeph Loeb, Michael Turner y Peter Steigerwald y será la continuación espiritual de "Superman/Batman: Public Enemies"
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Batman se enfrenta a su último desafío, el misterioso Capucha Roja tiene una tormenta en la ciudad de Gotham. Una parte vigilante, una parte capo criminal, Red Hood comienza la limpieza de Gotham con la eficiencia de Batman, pero sin seguir el mismo código ético. Matar es una opción. Y cuando el Joker cae en el equilibrio entre los dos, duras verdades se revelan y se vuelven a abrir viejas heridas.
