Masami Kurumada

Seiya, un testarudo adolescente callejero, se pasa el tiempo luchando por dinero mientras busca a su hermana secuestrada. Cuando en una de sus peleas se le revelan poderes místicos que desconocía, Seiya se ve inmerso en un mundo de santos en guerra, antiguos entrenamientos mágicos y una diosa reencarnada que necesita su protección.

Los Caballeros del Zodiaco: La Leyenda del Santuario sigue de cerca a cinco jóvenes guerreros conocidos como Los Caballeros de Bronce (Seiya, Shiryu, Shun, Hyoga e Ikki), los cuales tienen la misión de proteger a Saori Kido, una joven con misteriosos poderes que resulta ser la reencarnación de la diosa Atenea. Cuando la muchacha es atacada con una flecha mágica, estos santos protectores, para salvar su vida, deben atravesar, en doce horas, los doce Templos del Zodiaco en el Santuario de Atenea, cada uno de ellos custodiados por un Caballero de Oro. Una vez en el Santuario, deberán enfrentarse al Patriarca, y coger la cura que salve a Atenea de una muerte inminente.

Los Caballeros del Zodiaco: La Leyenda del Santuario sigue de cerca a cinco jóvenes guerreros conocidos como Los Caballeros de Bronce (Seiya, Shiryu, Shun, Hyoga e Ikki), los cuales tienen la misión de proteger a Saori Kido, una joven con misteriosos poderes que resulta ser la reencarnación de la diosa Atenea. Cuando la muchacha es atacada con una flecha mágica, estos santos protectores, para salvar su vida, deben atravesar, en doce horas, los doce Templos del Zodiaco en el Santuario de Atenea, cada uno de ellos custodiados por un Caballero de Oro. Una vez en el Santuario, deberán enfrentarse al Patriarca, y coger la cura que salve a Atenea de una muerte inminente.

Después de la batalla con Hades, Seiya es dado por muerto. Saori se encarga de él y ahora esta confinado a una silla de ruedas, en una casa de descanso cerca del Santuario. Mientras el descansa, 3 sombras aparecen ante el: Ícaro, Odiseo y Theseo son guerreros celestiales, ellos son enviados por Artemisa, diosa de la Luna y hermana mayor de Athena, para acabar con Seiya. Saori se enfrenta a Artemisa y llegan a un acuerdo: Athena le dara a Artemisa su baculo sagrado, renunciando asi a todos los derechos sobre el Santuario y perdiendo todos sus poderes a cambio de perdonar la vida de Seiya. La meta de Artemisa es unicamente destruir la humanidad, que por largo tiempo se ha corrompido y han olvidado a los dioses mismos. Mientras tanto los demas Santos de Bronce se dan cuenta de lo que esta sucediendo, y se dirigen al Santuario para reunirse con Seiya, esperando encontrar una forma de llegar a Saori y salvarla.

It's been three months since the Sacred Sword War ended, & Kojiro and Ryoma are nowhere to be found. Back at the villiage of the Fuma clan, a group calling themselves the "Shinsei Fuma clan" forms, calling for an end to the clan of old... And those who are not with them are considered the enemy.

Despertado por los espíritus de Eris, Abel y Poseidón, y derrotando a los caballeros de oro, Lucifer regresa a la Tierra, acompañado de sus cuatro ángeles infernales, con el objetivo de vengarse de Atenea, destruir a la humanidad y proclamarse soberano absoluto del universo. Para evitarlo, Saori Kido, decide sacrificar su vida en el Pandemonium, residencia de Lucifer, mientras que los caballeros de bronce lucharán para salvarla.

Febo Abel, dios del Sol y hermano de Atenea, retorna a la Tierra y resucita a los santos de oro muertos en la batalla de las doce casas, a fin de llevarse a su hermana y extinguir a la humanidad, considerando que ha llegado a un estado decadente. No obstante, los santos de bronce, quienes aparentemente son abandonados por Saori, evitarán que Abel cumpla su propósito, por lo que deberán enfrentarse a los santos de oro y a los tres misteriosos santos de la Corona.

Seiya y los demás caballeros dejan Japón, para dirigirse hacia Asgard, donde deberán buscar a Hyōga, quien ha desaparecido, y enfrentar a los guerreros de Asgard y a su patriarca. Una vez más, como era de esperar, la lucha de los heroicos Caballeros de Bronce tendrá como finalidad salvar a su protectora, la diosa Atenea (Saori Kido).

Eris, la diosa de la discordia, ha vuelto a la Tierra bajo la forma de una manzana de oro, tomando posesión del cuerpo de Erii Aizawa, una joven maestra del orfanato de la Fundación Graude. Resucitando a los caballeros fantasmas y capturando a Saori Kido, la reencarnación de Atenea, Eris desafía a los caballeros de bronce a enfrentar a sus nuevos servidores en las inmediaciones de su templo. Sin tiempo que perder, Seiya y sus amigos acuden a la batalla, con el objetivo de salvar la vida de Atenea y desbaratar las ambiciones de Eris.