Takashi Natsume continúa devolviendo los nombres de los espíritus que se han escrito en el "Libro de los Amigos" que heredó de su abuela, Reiko Natsume. Mientras navega entre humanos y youkai con su amigo, mascota y guardaespaldas Nyanko-sensei, Natsume se reúne casualmente con un viejo compañero de clase, Daisuke Yuuki. Este reecuentro le trae recuerdos dolorosos de un youkai de su pasado. Mientras tanto, Natsume también se familiariza con Yorie Tsumura, una mujer que conocía a Reiko y que estaba en los recuerdos de un youkai cuyo nombre había regresado. Yorie ahora vive una vida pacífica con su único hijo, Mukuo. Pasar tiempo con esta familia consuela a Natsume, pero un misterioso youkai ha estado al acecho en su ciudad. En el camino de regreso de la investigación con Natsume, Nyanko-sensei termina metiéndose en problemas de los que solo Natsume y sus amigos, ya sean youkai o humanos, pueden ayudarlo a salir.
Kozue loves to stargaze and does so regularly. On a trip to view a meteorite, she happens to meet a boy named Ginga. He has a mysterious ability to discover more information about the stars, which he uses to help scientists with astronomical research. Unfortunately, his life is mostly dictated for him, and when carrying out missions, he must always wear a protective suit. Kozue helps Ginga to gradually take control of his life by encouraging him to make his own decisions.
