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Segunda parte, continuación de "La Historia del Cominezo". Madoka intenta aún decidir si convertirse o no en una chica mágica tras darse cuenta de que no se trata del trabajo divertido y desenfadado que parecía al principio...
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Después de tener una extraña pesadilla, Madoka Kaname, una chica de 14 años encuentra a una criatura mágica llamada kyubee. A Madoka y Sayaka Miki, su amiga, les ofrece la oportunidad de ganar poderes mágicos si están de acuerdo en hacer un contrato con el. Kyubee les ofrece cumplir un deseo, pero a cambio deben arriesgar sus vidas para luchar contra brujas. Criaturas que, nacidas de maldiciones,son responsables de muchos asesinatos y suicidios. Una aliada de kyubee, una chica mágica llamada Mami Tomoe, se hace amiga de ellas y las alienta a aceptar el contrato. Por razones desconocidas, otra chica mágica llamada Homura Akemi esta decidida a impedir que Madoka acepte la oferta.
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La historia paralela tiene lugar en 2017 a.t.b., entre el surgimiento de la organización "Black Knights" y el regreso del supuestamente "muerto" Zero. El escenario está en Europa, donde las naciones aliadas de la Unión Europea (UE) están siendo invadidas por las abrumadoras fuerzas del Sacro Imperio Británico. Al borde de la derrota, la UE El ejército forma una unidad especial conocida como "W-0", de la cual es miembro un joven piloto llamado Akito Hyuga. Leila Malkal, una ex aristócrata británica, acude en ayuda de la UE, al mando del cuerpo de caballeros "Wyvern" compuesto por adolescentes japoneses. Se sumergen imprudentemente en un campo de batalla, donde la tasa de supervivencia es extremadamente baja, solo alrededor del 5%. Luchan por su libertad y por un "hogar" al que puedan regresar.
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Un mensajero llega al campamento del general Baldr (donde se encuentra el escuadrón de Rygart) diciendo que el general Borcuse se dirige a pegusa pueblo natal de RYgart y donde se encuentra su hermano. Tras ir Rygart solo y ver que los aldeanos han sido asesinados y que no hay rastro de su hermano se ve rodeado por el ejército de Athens y enfrente del esta Borcuse
