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En una época en la que ocurren desastres naturales a gran escala frecuentemente en todo el mundo, donde cyborgs y robots autónomos comienzan a aparecer en el mercado de países tecnológicamente avanzados y donde las principales potencias del mundo compiten por tecnología y recursos, la brecha entre los ricos y los pobres crece y el futuro para estos últimos parece sombrío. En este escenario de transición, nadie parece ver una salida a su situación… Esta es la historia de cómo dos niñas cibernéticamente mejoradas se conocen. Sus nombres son Nene y Clarion.
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En el día en que Touma Kamijou e Index ven el ascensor espacial de Ciudad Academia, Endymion en la distancia, se encuentran con una chica de nivel 0 con una increíble voz para cantar, Arisa Meigo. Mientras los tres disfrutan de su tiempo juntos después de la escuela, el mago Stiyl Magnus los ataca de repente. Su objetivo: Arisa. Touma se pregunta por qué una chica del lado de la ciencia sería el objetivo de alguien del lado mágico. En el caos del ataque de Stiyl, él le dice a Touma, Index y Arisa que ella podría causar una guerra entre el lado mágico y el lado científico.
