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La historia comienza un mes después del inicio del incidente de Sword Art Online. De las 10,000 personas atrapadas al principio, 2,000 ya han sucumbido y el primer jefe ni siquiera ha sido derrotado aún. Poco a poco, los jugadores pierden la esperanza, pero un grupo decide darlo todo e ir a desafiar al jefe en el primer piso. Es en esta ocasión Kirito y Asuna se encontrarán por primera vez.
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En el día en que Touma Kamijou e Index ven el ascensor espacial de Ciudad Academia, Endymion en la distancia, se encuentran con una chica de nivel 0 con una increíble voz para cantar, Arisa Meigo. Mientras los tres disfrutan de su tiempo juntos después de la escuela, el mago Stiyl Magnus los ataca de repente. Su objetivo: Arisa. Touma se pregunta por qué una chica del lado de la ciencia sería el objetivo de alguien del lado mágico. En el caos del ataque de Stiyl, él le dice a Touma, Index y Arisa que ella podría causar una guerra entre el lado mágico y el lado científico.
