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Mizore, una chica callada y reservada que toca el oboe, y Nozomi, una chica popular y amigable que toca la flauta, son dos buenas amigas que forman parte de la banda sinfónica del Instituto Kitauji, que un día decide tocar Liz y el pájaro azul, una canción inspirada en un cuento de hadas sobre la relación entre una niña y un pájaro. Inmersas en la historia de dicho cuento de hadas, Mizore y Nozomi comienzan a darse cuenta de que tal vez no exista la posibilidad de estar juntas para siempre.
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La historia gira en torno a Shōko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Shōya Ishida quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
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La historia toma lugar entre el 16 y el 24 de diciembre, un mes después del festival cultural. Acercándose las vacaciones de invierno, la Brigada SOS, liderada por Haruhi Suzumiya, planea hacer una fiesta de nabe para Navidad. Sin embargo, el 18 de diciembre, Kyon llega al instituto para descubrir que todo ha cambiado. Haruhi y Itsuki Koizumi han desaparecido, Yuki Nagato es una estudiante normal con sentimientos, Ryoko Asakura, quién había sido eliminada por Yuki, también es una estudiante normal y Mikuru Asahina no le reconoce. La única pista que tiene es un marcapáginas que le dejó Yuki, que lleva a Kyon en un viaje a través del tiempo relacionado con la historia del episodio «Rapsodia de una Hoja de Bambú», intentando resolver el misterio y restaurar su línea temporal.
