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Ash, Pikachu y sus amigos se encuentran en un hotel, cuando de repente aparecen unos anillos dorados que los transporta a Ciudad Desert, donde se encuentran con Hoopa, el cual que tiene la habilidad de hacerse con todo lo que se desee (incluyendo a personas y Pokémon) con ayuda de sus anillos mágicos...
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Cinco Genesect han invadido la gran ciudad y suponen una amenaza para el suministro de electricidad, lo cual atrae la atención del Pokémon legendario Mewtwo, a pesar de desconocerse sus intenciones. Ash, Pikachu y sus amigos deben acudir al rescate cuando el poderoso líder de los Genesect, un Genesect rojo, se enfrenta a Mewtwo.
