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Nueva York está en peligro debido a que Shredder y El Clan del Pie, dominan la ciudad y ejercen un férreo control sobre todo, incluyendo policía y políticos. Pero cuatro héroes, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, saldrán de las alcantarillas y con la ayuda de la reportera April y su compañero Vern Fenwick intentarán salvar la ciudad.
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Flint ya ha conseguido lo que perseguía desde siempre: ser un reconocido investigador admirado por todos. Después de crear su máquina que creaba comida a partir de agua ('Lluvia de albóndigas 1'), el director de la prestigiosa compañía The Live Corp Company y gran investigador, Chester V, ha contratado a Flint para que forme parte de su equipo, formado por los mejores investigadores del mundo. El protagonista está lleno de alegría, pero muy a su pesar descubrirá que el invento que creó está dando resultados inesperados y altamente peligrosos. A partir de los restos de comida que caían del cielo se han creado bestias mutantes de todo tipo (cocodrilos, arañas, chimpacés…) que ponen en peligro la seguridad de los humanos. Flint contará con la ayuda de todos sus amigos para poner fin a esta pesadilla.
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La película comienza con la fuga de un extraño y poderoso extraterrestre llamado Boris el animal. Es el último superviviente de la raza alienígena boglodita, que sobrevive mediante el ataque, toma, y ocupación de otros planetas habitados. Boris es un asesino, que fue capturado por el agente K y encarcelado en una prisión secreta en la Luna. K también pudo desplegar un sistema de defensa (denominado "Arca Net"), y evitar una invasión boglodita, logrando así su extinción. Sin embargo, Boris logra burlar la seguridad y destruir gran parte de la cárcel, para escapar y vengarse de K.
