La historia se centra en Mio, una chica que está preocupada porque su amigo de la infancia no corresponde a sus sentimientos. Después de una pelea trivial entre los dos y durante un día lluvioso, Mio sufre un accidente de tráfico y cae inconsciente. Al despertar se encuentra con un misterioso mundo del que nunca había escuchado o leído…
Han pasado seis meses desde los acontecimientos de la película anterior. El destino ha regresado a la ciudad de Uminari con Lindy como su tutor legal y está viviendo la vida de una niña normal de primaria junto con Nanoha y sus amigos. Sin embargo, la reunión entre los dos nuevos amigos se interrumpe cuando son atacados por cuatro antiguos usuarios de magia que se identifican como Wolkenritter. A medida que los motivos detrás de las acciones de Wolkenritter se vuelven claros, Nanoha y Fate se encuentran en una carrera contra el tiempo para detener la reactivación de un artefacto altamente peligroso conocido como El Libro de la Oscuridad.
Primera película de la serie Mahou Shoujo Lyrical Nanoha. La trama es una historia paralela a como Fate y Nano-chan se conocieron y tendrá un que otro cambio principalmente en el diseño de los personajes y la voz de Bardiche (el arma que usa Fate) ahora dándole una voz femenina.
