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Mineko Negishi conocida como Neko es aparentemente una chica normal y corriente, pero tiene poderes psíquicos como los de una bruja. En una noche de luna llena con su amigo de Haruka Saiki, un chico con poderes de teletransportación, conoce a Keichiro, un chico capaz de transformarse en un león. Misteriosamente son transportados a otro mundo llamado El Reino Medio. Esta tierra está bajo el poder de un poderoso y opresor general llamado Durán III. Además, Mineko resulta ser la reencarnación de la legendaria reina Nerula.
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En un futuro cercano la Unión Inter-Planetaria, establecida por las diferentes naciones, fundó La Academia Cosmo, el centro de enseñanza más importante de la Galaxia. Esta academia se encarga de educar a los pilotos espaciales de la nueva era. Una de las citas más importantes es el examen de admisión que se celebra cada 3 años. Muchos estudiantes de todos los planetas se presentan. Dadatos Lain de la Tierra consigue llegar a la última fase del examen después de pasar enormes y dificiles pruebas. Su sueño es convertirse en el mejor piloto espacial del Universo. La última prueba consiste en permanecer sano y salvo durante 53 días en una nave espacial. Pero algo extraño ha sucedido. Normalmente los grupos suelen ser de 10 pasajeros. Pero en esta nave llamada "La Esperanza" hay 11 tripulantes, ¿Quién es el 11º pasajero?
