The three brothers discover that the human experiment banned after destroying the "Orochi", is still going on to secretly revive the evil snake. They also find out that some ex-members of the Yamainu (the Japanese military unit formed to kill the snake) are behind this conspiracy. The brothers fight together again in a battle against the military.
El momento es el final de la era Samurai (Edo) y el nuevo gobierno Meiji se fundó en Japón. Tres hermanos jóvenes, Tenka, Soramaru y Chutaro, que son los guardianes del santuario de Kumou, se ponen de pie para evitar que el "Orochi" vuelva a la vida cada 300 años para salvar al país. Es un año después de la gran batalla contra el "Orochi" (serpiente gigante). La verdad detrás de la maldición, la razón detrás de la disputa entre Tenka y Kumou, y la historia de la muerte de sus padres se revela por primera vez.
La historia tiene lugar en una isla remota, en la víspera del festival cultural de un instituto. Un chico deja el béisbol después de estar jugando toda su vida y se pelea con su mejor amigo. Es entonces cuando conocen a una misteriosa chica de ojos rojos llamada Noruda, poco antes de que un enorme tifón llegue hasta el instituto.
