Narra como dos torturadores fascistas son dirigidos por un misterioso personaje al que no se ve, el señor Galíndez. Son dos hombres distintos: uno lleva una apacible vida familiar, mientras que el otro es un solitario con inclinaciones sádicas. Los dos matones se movilizan en función de las órdenes de Galíndez, quien les dirige hacia sus víctimas, las cuales reciben un trato cruel e inhumano.
Camilo José Cela escribe en el prólogo a la primera edición de la novela: "La Colmena no es otra cosa que un pálido reflejo, que una humilde sombra de la cotidiana, áspera, entrañable y dolorosa realidad (...) no aspira a ser más que un trozo de vida narrado sin reticencias, sin extrañas tragedias, sin caridad, como la vida discurre, exactamente como la vida discurre. Queramos o no queramos. La vida es lo que vive -en nosotros o fuera de nosotros-; nosotros no somos más que su vehículo, su excipiente como dicen los boticarios (...) Su acción discurre en Madrid, en 1942, y entre un torrente, o una colmena, de gentes que a veces son felices, y, a veces, no".
Alejandro, un director de orquesta retirado, es un hombre solitario, escéptico y nada convencional que se enamora platónicamente de una niña de trece años que vive cerca de su casa. Él es amante de la soledad, la música clásica, la ornitología y la buena mesa; ella es inteligente, imaginativa y sensible. Una amistad que incomoda e irrita a algunos vecinos influyentes. (FILMAFFINITY)
El Príncipe Carlos, hijo de Felipe II (1559-1598), durante una correría nocturna por los lavaderos del Alcázar de Madrid sufre un grave accidente. El hecho despierta las sospechas de la autoridad eclesiástica que encomienda a un funcionario investigar las circunstancias de lo que podría ser un atentado contra la vida del príncipe.