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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Esta historia tiene lugar en el Spa Resort Hawaiians, un hotel de temática hawaiana ubicado en la prefectura de Fukushima. Seguimos a Natsunagi Hiwa, una novata del Hula que ha decidido hacer una carrera en este campo. Seguiremos así su avance en esta disciplina.
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Takashi Natsume continúa devolviendo los nombres de los espíritus que se han escrito en el "Libro de los Amigos" que heredó de su abuela, Reiko Natsume. Mientras navega entre humanos y youkai con su amigo, mascota y guardaespaldas Nyanko-sensei, Natsume se reúne casualmente con un viejo compañero de clase, Daisuke Yuuki. Este reecuentro le trae recuerdos dolorosos de un youkai de su pasado. Mientras tanto, Natsume también se familiariza con Yorie Tsumura, una mujer que conocía a Reiko y que estaba en los recuerdos de un youkai cuyo nombre había regresado. Yorie ahora vive una vida pacífica con su único hijo, Mukuo. Pasar tiempo con esta familia consuela a Natsume, pero un misterioso youkai ha estado al acecho en su ciudad. En el camino de regreso de la investigación con Natsume, Nyanko-sensei termina metiéndose en problemas de los que solo Natsume y sus amigos, ya sean youkai o humanos, pueden ayudarlo a salir.
