Nueva York, 1988. La difusión de un nuevo tipo de droga va seguida de una aterradora oleada de crímenes. En inferioridad de condiciones frente a las viejas y nuevas bandas de traficantes, la policía pierde por término medio dos agentes al mes. Bobby Green (Joaquin Phoenix), el encargado de un club de Brooklyn frecuentado por la mafia rusa, intenta mantenerse al margen del conflicto. Pero Bobby guarda un secreto: tanto su hermano, el teniente Joseph Grusinsky (Mark Wahlberg) como su padre Burt Grusinsky (Robert Duvall) son policías. Su relación con ellos empeora cuando su padre le advierte que tarde o temprano tendrá que decidir de qué lado está.
En Nueva York, un hombre ha desaparecido sin dejar rastro. Klute (Donald Sutherland), un policía íntimo amigo suyo, encuentra una pista en las cartas que aquél le escribía a una prostituta llamada Bree (Jane Fonda). Va a verla para interrogarla y surge entre ellos una apasionada relación amorosa. Mientras Klute prosigue sus investigaciones en los bajos fondos, empiezan a aparecer prostitutas asesinadas; entonces le asalta la sospecha de que Bree pueda ser la próxima víctima.
A young doctor returns to his New England home town after a long absence. He visits with the town's kindly old physician, Dr. Cook, a man he has admired since childhood. However, he soon finds out that the old doctor isn't quite what he seems to be, and the young doctor finds his life in danger.
A young man, Bert Cates, is arrested in a small Bible Belt town for teaching the theory of Evolution in the public school. Two of the finest legal minds in the U.S. are called to the trial: Henry Drummond for the defense, and Matthew Harrison Brady for the prosecution. The trial proceeds on three levels, the guilt or innocence of Cates, the issue of the Bible vs. Darwin, and finally, the personal confrontation between Drummond and Brady.