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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Hotaru comienza a envejecer rápidamente mientras se encuentra al cuidado de las Guardianas Exteriores. Después, ¡es el momento de que todas las Guardianas se reúnan!
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Un eclipse solar total parece ser el origen de la aparición de un funesto circo, la misteriosa enfermedad de Mamoru y los inquietantes sucesos que asolan la ciudad.
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Conan viaja a Singapur, concretamente a la famosa Marina Bay Sands, escenario en el que se ha producido un cruento asesinato. La investigación parece girar en torno a una gema legendaria conocida como 'Zafiro Azul', que lleva sumergido en el océano desde finales del siglo XIX. Makoto Kyôgoku ayudará al joven detective a detener a Kaitō Kid, quien quiere robar la tan preciada joya.
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El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.
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Una bomba ha estallado en la central de Nichiuri TV, símbolo de Osaka. Dentro de las instalaciones, se estaba rodando la final de la Copa Satsuki, de la que se conocería al ganador de Hyakunin Isshu de Japón. La situación es complicada, el edificio se está derrumbando y, en el interior, tan solo quedan el detective juvenil del oeste, Heiji Hattori y su amiga de la infancia, Kazuha Toyama.
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¡Una historia completamente nueva, que describe el comienzo de 'Detective Conan'! Toda la verdad sobre el día en que fue envenenado por aquellos misteriosos Hombres de Negro y como se encogió... ¡Ahora será revelada! ¡Un especial que contará todo lo que no ha sido dicho antes!
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Durante una oscura noche, una espía irrumpe en la jefatura de policía y accede a los archivos secretos sobre espías de varias agencias especiales de inteligencia infiltrados en la Organización de los Hombres de Negro. Agencias como el MI6 de Inglaterra, el Servicio Federal de Inteligencia de Alemania (BDN), el Servicio Secreto de Inteligencia Canadiense (CSIS), la CIA de los Estados Unidos y mismísimo FBI se ven amenazadas por el robo de estos archivos secretos. Antes de que se realice el robo, los oficiales de la seguridad pública, dirigidos por Tooru Amuro, llegan justo a tiempo para detener a la responsable. La espía logra huir pero Amuro, con la ayuda del agente del FBI Shuichi Akai, logran abatirla durante la persecución.
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Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.
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Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!
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Gracias a la Fuerza Marítima se celebra una visita a la nave Aegis en el puerto de Kyoto. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan de un viaje con la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver es de uno de los oficiales de la marina! Conan descubre que está a bordo el espía 'X'. ¿Quién es? ¿Cuál es su relación con el barco? ¡Dentro del basrco se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!
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Kogoro Mouri recibe una llamada telefónica y un coche estalla delante de sus ojos. Ahora él, junto a su hija Ran y Conan, deberá descifrar un mensaje en clave dejado por el culpable antes de que una siguiente bomba estalle. Las amenazas y juegos del autor de la bomba seguirán hasta que Conan le descubra.
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La historia comienza con una amenaza contra el gobernador de Tokio, pero la rapidez mental de Conan evita que haya víctimas cuando un túnel de metro se derrumba. Conan comprende que puede haber una conexión con un pueblo que fue trasladado para la construcción de una presa, e intenta parar al criminal antes del siguiente ataque
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Algo peligroso es robado de un laboratorio por una misteriosa organización, el grupo terrorista 'El siamés rojo', y amenazan con volver a aparecer en siete días. Mientras tanto, Jirokichi Suzuki acaba de terminar el dirigible más grande del mundo, el 'Bell Tree II', el gran proyecto para poder capturar a su rival, Kaito Kid. Kid responde al reto y los medios están al tanto de esta batalla que tiene como escenario el cielo. En el dirigible viajan el inspector Nakamori, Kogoro, Ran, Conan y la liga juvenil, invitados de Jirokichi, y también algunos reporteros.
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Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.
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Una serie de asesinatos destruye la vida de antiguos miembros de una academia de música dirigida por un famoso pianista. Conan y compañía son invitados a la apertura del salón de conciertos en honor a ese pianista. La característica principal del concierto son los tonos de 'Bach trembled', un tipo de música tocada con el Órgano de pipa, el famoso violín 'Stradivarius', y la voz perfecta de una vocalista. Sin embargo, comienzan a suceder muchos incidentes sospechosos antes del concierto.
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Conan viaja a la isla Koumi junto a Kogoro, Ran, Sonoko, Agasa y la Liga de Detectives Juveniles. Un misterio lleva a los niños a ir resolviendo un mapa del tesoro mientras que Ran y Sonoko hacen buceo. Finalmente la historia de dos mujeres piratas y su barco escondido se entrelazarán y darán mucho juego en una aventura increíble. Ran se vera envuelta en un problema que Conan deberá resolver.
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Hace 15 años el carguero 'Yashiromaru I' se hundió al norte del Océano Atlántico tras chocar contra un iceberg. El trágico accidente provocó conmoción en su tiempo. Conan y compañía resultan invitados al viaje inaugural del Aphrodite, un nuevo crucero de lujo que recorrerá el Pacífico. Una serie de asesinatos convierte el viaje en una pesadilla que aterroriza a los tripulantes por lo que Conan y sus amigos deberán frenar y resolver la situación.
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Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?
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Un hombre enmascarado con katana y arco ha matado a un hombre en Tokyo, aparentemente también ha sucedido lo mismo en Kyoto y Osaka. Por este motivo llaman a Kogoro para resolver el caso, acompañado de Conan y Ran. Además al grupo también se unirá Heiji, quién conocerá a su primer amor. (FILMAFFINITY)