La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
Tras quedar separada de sus compañeras cuando su colmena es atacada por sorpresa por un grupo de avispones, la pequeña abeja Hutch se embarca solo en una fantástica aventura en busca de su madre, la Abeja Reina. En su viaje, la pequeña abeja hace amistad con toda clase de estraños insectos como la oruga Kunekane o el escarabajo pelotero Poncho que le ayudarán a salir adelante en un ambiente a menudo hostil. Además, al llegar al pueblo de Sepiatown conoce a Amy, una niña humana de buen corazón que toca la harmónica en soledad y que es capaz de comunicarse con los insectos. Tras salvarla de la mantis religiosa Kamakichi, Amy se hace amiga de Hutch y le promete que le ayudará a encontrar a su madre.