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Todo comienza cuando una agente secreta se esconde en el barco donde están cenando los alumnos del colegio Futaba. Los Pezuña de Cerdo la siguen y se llevan el barco con ella, Shin Chan y sus amigos a bordo. A partir de ahí, Shin Chan, Masao, Nene, Kazama y Boo Chan van con la agente a todas partes como sus rehenes.
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Una raza alienígena, los Zentraedi, atraviesan la galaxia con destino a la Tierra. Con un ejército de naves que se cuenta por millones y una tecnología mucho más avanzada que la de los humanos, los Zentraedi no necesitarán demasiado tiempo para acabar con la raza humana y recuperar una de sus naves, que se estrelló en el planeta tiempo atrás. Los humanos no tienen mucho donde escoger para escaparse de su aniquilación, así que deciden salvar a los habitantes de la isla donde cayó "Macross", la nave alienígena, usándola para abandonar el planeta, dirigiéndose más allá de los límites del Sistema Solar. Siendo los Zentraedi los nuevos amos del planeta, sólo el tiempo dirá si alguna vez podrán volver a la Tierra y vencerles.
