Set during the Meiji reformation era in a small village in Kyushu, Japan. The story revolves around a young boy named Izana and a blind woman named Takiri, the two encounter the large monster Nebula who since ancient times was feared as the god of lake Amenosagiri. Theme of the film focuses on the Japanese concept of light and darkness, as told by puppetry and model miniaturization of the films’ world with practical special effects by Keizo Murase.
La destrucción del mundo avanza. Lo único que puede detenerlo es el sacrificio de Miyu que es digno del Grial. Cuando Ainsworth le pregunta a Illya, la que lleva el título de salvadora del mundo, qué salvará entre el mundo y Miyu, ella elige la respuesta simple y egoísta de 'ambos'. En un respiro de la lucha, todos descansan en la casa de la que se encargaron Miyu y Shirō. Cuando se reúnen en un círculo, Shirō les cuenta sobre él y Miyu. Ella era la Hija de Dios que concedía todos y cada uno de los deseos. Shirō acogió a la chica que no tenía a nadie más en la casa que había compartido con Kiritsugu. Han pasado cinco años desde entonces, y ahora han vivido en paz como hermanos. Pero esa pacífica vida cotidiana ahora se ha hecho añicos. La llevarán de regreso, pero antes de eso, Julian hace su aparición, aún buscando en Miyu el milagro que necesita.
