La película continúa con la aventura épica de los valientes Riko y Reg quienes se unen a su nueva amiga Nanachi. Juntos, descienden a la traicionera quinta capa del Abismo, el “Mar de los cadáveres”, en donde se encuentran con el misterioso Bondrewd, un legendario White Whistle cuya sobra cierne sobre el turbulento pasado de Nanachi. Bondrewd es increíblemente amistoso, pero los valientes aventureros saben que las cosas dentro del Abismo no son lo que parecen…
Made in Abyss: Wandering Twilight muestra a Riko y Reg en su aventura por el Abismo y retoma la historia inmediatamente después de lo sucedido en Made in Abyss: Journey’s Dawn. El misterio en torno a la muerte de su madre se hace más profundo cuanto más descubre Riko sobre sus orígenes. Con inquebrantable determinación para llegar al fondo del Abismo, Riko y Reg dejan el Campamento de Aproximación de Ozen y exploran la peligrosa Tercera Capa... y más allá.
