Fujiko quien está a cargo de Gene, un niño que podría ser la clave para el hallazgo de 500 millones de dólares que su padre malversó de la compañía Godfrey Mining. Esta empresa contrata a Bincam, un asesino que puede manipular los corazones de las personas; para lograr recuperar el dinero.
Un jefe de la yakuza contrata a Goemon Ishikawa, un samurái moderno, para protegerlo a bordo de su casino de cruceros. Todo sale mal cuando el famoso ladrón, Lupin III, intenta robar el barco. Lupin está siendo perseguido por un hombre poderoso y misterioso: el llamado "Fantasma de las Bermudas". Con el empleador de Goemon muerto en el caos resultante, su honor está en juego y la única forma de preservarlo es con sangre. Pero este oponente es como ningún otro, y para hacer las cosas bien, Goemon puede necesitar afilar no solo su espada, ¡sino también él mismo!
Lupin y Jigen se infiltran en Doroa Este para capturar el tesoro secreto Little Comet. La Reina Malta , una cantante de Doroa Este , acaba de ser asesinada en los alrededores de Doroa Oeste, provocando una tensa situación en la frontera.Los dos consiguen hacerse con el tesoro, pero un francotirador trata de eliminar a Jigen en su huida. Jigen se las verá con una peligrosa amenaza, Yael Okuzaki , un asesino que prepara las tumbas de sus objetivos antes incluso de matarlos, y él ha preparado una tumba para Jigen...
Después de la desaparición de Lupin III en el mundo, la gente ha comenzado a imitar la apariencia y la personalidad de Lupin en un intento por convertirse en el “verdadero Lupin”. Después de que la policía capturara a un Lupin falso por robar una tienda de conveniencia, todos los Lupin de todo el mundo viajan a Tokio para liberar al Lupin capturado solo para ser capturados ellos mismos. Un hábil carterista llamado Yasuo recibe un abrigo verde y una Walther P38 , la misma pistola que usa Lupin, de un misterioso anciano. Yasuo decide ponerse la chaqueta verde y asume el papel de Lupin.
