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La película está protagonizada por dos estudiantes de secundaria: Natsuki Enomoto y su amigo de la infancia, Yu Setoguchi. Natsuki intenta confesarle su amor a Yu, pero es incapaz de admitir sus verdaderos sentimientos y acaba diciéndole a Yu que en realidad sólo estaba practicando cómo declarar su amor a otra persona. Mientras Natsuki oculta sus sentimientos por Yu, su compañero de clase, Koyuki Ayase, le pide una cita. Una historia de romance con momentos agridulces y dudas de juventud.
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En esta ocasión un oficial de policía es asesinado delante de la Liga Juvenil de Detectives y se van sucediendo nuevos homicidios en serie a oficiales de policía. Como prueba, los dos oficiales asesinados aparecieron muertos llevando sus cuadernos de policía. Conan se encarga de este caso junto a Kogoro, ambos intentan conseguir detalles preguntando al inspector de policía, pero éste, que siempre ha colaborado, en esta ocasión rehuye contar nada sobre el caso y termina diciéndoles: 'eso no importa'. Esta frase es muy conocida entre las fuerzas de la policía porque se utiliza siempre que en un caso está envuelto personal de policía. ¿Podría ser éste un crimen perfecto?
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Stoner es la ciudad de los Golems por excelencia, y es justamente allí donde van a parar Lina y Naga, buscando fortuna y algo de comer. Nada más llegar, salvan a una muchacha de un golem, con lo que consiguen una invitación a cenar por parte de la rescatada, que resulta ser la princesa mimada del pueblo. En la cena ambas hechiceras conocen a Garia, padre de la joven, que dedica su tiempo libre a la fabricación de golems al igual que su hijo Hyiu. Padre e hijo no se soportan y deciden enfrentarse en una pelea de golems y las modelos para sus dos recreaciones resultan ser Lina y Naga.
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Conan recibe una invitación del arquitecto Teiji Moriya para Shinichi Kudo. Al no no poder asistir como Shinichi, le pide a Ran que vaya en su lugar a la fiesta, Ran acepta con la condición de ir juntos al cine el sábado en la noche. Más tarde, Conan recuerda que ese sábado es su cumpleaños.
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Lupin se introduce clandestinamente en la República de Zafu como carcelero con el objetivo de liberar a ciertas personas que podrían ayudarle a encontrar el tesoro del antiguo rey. Tras localizarlo, su primer intento por conseguirlo es inútil, y es perseguido (junto a Jigen y Goemon) y le tienden multitud de trampas por todos lados. Cuando se conoce su presencia en el país, se ofrece una recompensa de 1 millón de dólares por su cabeza, ¡vivo o muerto! Pronto, todos los cazarrecompensas del país lo perseguirán. Ahora debe preocuparse por sus perseguidores además del tesoro de Zafu.
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We are now in the early 18th century, the Kyouhou era, when the merchant culture was flourishing. In Yoshiwara, the red light district of Edo, there is a popular courtesan with good looks and character, called Usugumo. She in fact is a daughter of a Christianized prostitute and Tokugawa Yoshimune (who was a real historical character and the 8th Shogun of Japan), but the power struggle in these times doesn't allow her to be with her father. Her fate is about to change when she meets the blond haired thief, Kikunosuke. With Kikunosuke, a doctor named Aoto Touichirou, who uses the yet unfamiliar Western medicine, and her pet cat, Kotetsu, Usugumo forms a thief group, the Kikugumi. In the meanwhile, a member of a mysterious group appears, aiming for Usugumo...
