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La historia comienza en el momento en que el joven Keita Amano se encuentra con una pequeña cápsula en el bosque para después recibir un misterioso reloj. Así es como conoce a un fantasma que se hace llamar Whisper. Este le comenta al chico que el reloj que lleva en su muñeca le ayudará a ver todo tipo de criaturas sobrenaturales, tanto buenas como malas. A partir de ese instante, Keita vivirá una gran aventura. Tendrá que viajar 60 años atrás en el tiempo para conocer a su propio abuelo de joven, y entre los dos tratar de salvar a la humanidad.
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Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?
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Tras ganar el campeonato nacional, Lisa, Lorna y Soichi pasan a la competición mundial de ex-Driver, como equipo representante de Japón, que se celebra en Los Angeles. Como si de un mal presagio se tratase, se topan con un coche con el sistema de IA estropeado, aunque logran detenerlo. Sin embargo, la policía no está nada conforme con lo ocurrido e insiste en examinar su coche esa misma noche. El problema no acaba aquí: La hija del sponsor del equipo estadounidense, Ángela, ha desaparecido. Lorna descubre que Ángela estuvo en aquel coche estropeado. Soichi intuye que Ángela puede estar en peligro y comienza a buscarla pero es capturado por un misterioso hombre que también retiene a Ángela. Mientras está confinado dentro de un almacén, Soichi descubre que, aparentemente, hay una conexión entre esa serie de incidentes y las apuestas ilegales que tienen lugar en la competición de ex-Driver. Ahora Soichi deberá escapar de allí con Ángela...
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When criminal Cybernackists appear in the Cyberland, the vast 21st century computer networks, Alice, Miss Catnick, Leina, and Julie are drawn in by the mysterious Lucia to become a fighting force of young girl soldiers in the Cyberland to combat the criminal element.
