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Basado en la novela del mismo nombre de Takafumi Takada, la historia está ambientada en el período Heian, Kioto, durante una época de intensos combates entre humanos y "Oni" (demonios). De alguna manera, un niño de 15 años que vive en la epoca actual viaja en el tiempo, 1.200 años atras y se encuentra inmerso en medio de esta batalla antigua.
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Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez. Quinta película basada en el manga/anime Naruto, y segunda dentro de la línea argumental Shippûden.
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Durante el periodo de guerra entre estados o Sengoku, un ronin llamado Nanashi, que significa "sin nombre", salva a un niño llamado Kotarou y a su perro Tobimaru en un templo abandonado. Kotarou no tiene familia y es perseguido por una misteriosa organización militar de China, por lo que contrata a Nanashi como guardaespaldas. Nanashi, que ha abandonado su nombre junto a su pasado, ha "sellado" su espada debido a un suceso pasado por el que es atormentado en forma de pesadillas. El encargado de perseguir a Kotarou es un hombre llamado Rarou, que pertenece a la organización de origen chino y que esta bajo las ordenes de un anciano llamado Byakuran, aunque, a diferencia de sus compañeros, Rarou no posee un concepto de "Rey" y solo busca luchar contra el más fuerte.
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En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".
