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En una noche tormentosa, Dorumon es perseguido por Leomon, quien intenta matarlo y robarle el anticuerpo x, pero al final es incapaz de hacerlo, y le pide disculpas al pequeño antes de morir. A Dorumon le impacta mucho su muerte. Al otro día, Dorumon es rechazado por los demás digimon, lo que le causa mucho sufrimiento. Mientras, en Yggdrasil, Dukemon y Omegamon discuten acerca de si las decisiones de Yggdrasil son correctas o no, pero Omegamon se va con la convicción de que debe cumplir su deber.
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En las montañas de Ararat, Turquía, donde según la Biblia cayó el arca de Noé, un grupo de investigadores deja de dar señales de vida. Se trata de una patrulla de Arcam, una organización ocupada de buscar los enigmas de antiguas civilizaciones extinguidas, y cuyos miembros se hacen llamar ´Spriggan´. Paralelamente, una poderosa fuerza magnética surge de la montaña provocando la desaprición de tres satélites militares estadounidenses. En Japón, seis meses más tarde, el Spriggan Yu Ominae recibe un anónimo mensaje - bomba con el texto: "Noé será tu tumba". Rápidamente se dirige a la Delegación Japonesa de Arcam, donde junto a un nuevo mensaje "Tu hora se aproxima" encuentra una foto de los cuerpos de los investigadores de Ararat con muestras de haber sido víctimas de un ataque.
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Lupin se introduce clandestinamente en la República de Zafu como carcelero con el objetivo de liberar a ciertas personas que podrían ayudarle a encontrar el tesoro del antiguo rey. Tras localizarlo, su primer intento por conseguirlo es inútil, y es perseguido (junto a Jigen y Goemon) y le tienden multitud de trampas por todos lados. Cuando se conoce su presencia en el país, se ofrece una recompensa de 1 millón de dólares por su cabeza, ¡vivo o muerto! Pronto, todos los cazarrecompensas del país lo perseguirán. Ahora debe preocuparse por sus perseguidores además del tesoro de Zafu.
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Ashram, desperate to find a home for his people, is tricked into selling his soul. 300 years later, Pirotesse's devotion to her king remains unshaken. In the sacred world of Crystania, amidst a civil war waged by shape-changing warriors, she searches for her beloved Ashram. She meets Redon, a young prince obsessed with avenging his murdered parents. Together, they confront Ashram's captor Barbas.
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Tita, una joven de 17 años de edad a cargo de la nave espacial Cha Cha Maru rescata a una enigmática jovencita de un ejército de soldados renegados. Pronto descubrirán una diabólica conspiración para destruir todo un planeta. (FILMAFFINITY)
