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El momento es el final de la era Samurai (Edo) y el nuevo gobierno Meiji se fundó en Japón. Tres hermanos jóvenes, Tenka, Soramaru y Chutaro, que son los guardianes del santuario de Kumou, se ponen de pie para evitar que el "Orochi" vuelva a la vida cada 300 años para salvar al país. Es un año después de la gran batalla contra el "Orochi" (serpiente gigante). La verdad detrás de la maldición, la razón detrás de la disputa entre Tenka y Kumou, y la historia de la muerte de sus padres se revela por primera vez.
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La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.
