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Cuenta la historia de cuatro divertidos animales del zoo de Central Park, Nueva York, (Alex el león, Marty la cebra, Gloria la hipopótamo y Melman la jirafa). Llevan toda su vida encerrados en cautividad sin poder experiemtnar el sabor de la libertad y se han propuesto idear un plan para salir de allí juntos. Un día, una serie de casualidades les llevan a lograr lo que tanto ansiaban y huyen de aquel lugar. Terminan en plena naturaleza, concretamente en la idílica isla de Madagascar. Allí descubrirán, a base de apasionantes aventuras, que la vida salvaje es muy diferente a lo que ellos pensaban y que vivir en libertad no es tan fácil como imaginaban.
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Cuando Shrek y la princesa Fiona regresan de su luna de miel, los padres de ella los invitan a visitar el reino de Muy Muy Lejano para celebrar la boda. Para Shrek, al que nunca abandona su fiel amigo Asno, esto constituye un gran problema. Los padres de Fiona, por su parte, no esperaban que su yerno tuviera un aspecto semejante y, mucho menos, que su hija hubiera cambiado tanto. Todo esto trastoca los planes del rey respecto al futuro del reino. Pero entonces entran en escena la maquiavélica Hada Madrina, su arrogante hijo el Príncipe Encantador y un minino muy especial: el Gato con Botas, experto cazador de ogros.