Son Goku destruyó en su momento al Ejército Red Ribbon. Ahora, ciertos individuos han decidido continuar con su legado y han creado a los androides definitivos: Gamma 1 y Gamma 2. Estos dos androides se autoproclaman "superhéroes" y deciden atacar a Piccolo y a Gohan. ¿Cuál es el objetivo del Nuevo Ejército Red Ribbon? Ante un peligro inminente, ¡llega el momento del despertar del Superhéroe!
La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
Fujiko quien está a cargo de Gene, un niño que podría ser la clave para el hallazgo de 500 millones de dólares que su padre malversó de la compañía Godfrey Mining. Esta empresa contrata a Bincam, un asesino que puede manipular los corazones de las personas; para lograr recuperar el dinero.
Conan viaja a Singapur, concretamente a la famosa Marina Bay Sands, escenario en el que se ha producido un cruento asesinato. La investigación parece girar en torno a una gema legendaria conocida como 'Zafiro Azul', que lleva sumergido en el océano desde finales del siglo XIX. Makoto Kyôgoku ayudará al joven detective a detener a Kaitō Kid, quien quiere robar la tan preciada joya.
Yamato y compañía se disponen a pasar la tarde en un día de campo al lado del arroyo cuando son sorprendidos por unos ninjas muy particulares. Ellos son los Ninningers quienes han llegado allí para acabar con los llamados Zyuohger ya que han oído que éstos últimos estuvieron causando grandes atrocidades últimamente. Sin mediar discusiones se da la batalla entre ambas facciones, pero todo dependerá de un pequeño joven que traerá un mensaje desde el futuro para lo que vendrá luego con los nuevos héroes.
