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Los patlabor son gigantescos robots-policías pilotados por seres humanos que se encargan de velar por la paz y la seguridad. En un principio fueron fabricados por la poderosa empresa Shinohara para su uso en la construcción pesada, pero cuando empezaron a ser utilizados para actos de sabotaje y terrorismo se creó un cuerpo especial dedicado a la prevención de estos crímenes. Tras unos años de perfecto funcionamiento en todas las unidades, las noticias de labors descontrolados y con problemas de manejo empiezan a alertar a las autoridades de Tokyo. La segunda sección de los patlabor es la encargada de investigar estos sucesos, pero sus pesquisas les llevarán a descubrir un complot de proporciones que nunca imaginaron.
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Una raza alienígena, los Zentraedi, atraviesan la galaxia con destino a la Tierra. Con un ejército de naves que se cuenta por millones y una tecnología mucho más avanzada que la de los humanos, los Zentraedi no necesitarán demasiado tiempo para acabar con la raza humana y recuperar una de sus naves, que se estrelló en el planeta tiempo atrás. Los humanos no tienen mucho donde escoger para escaparse de su aniquilación, así que deciden salvar a los habitantes de la isla donde cayó "Macross", la nave alienígena, usándola para abandonar el planeta, dirigiéndose más allá de los límites del Sistema Solar. Siendo los Zentraedi los nuevos amos del planeta, sólo el tiempo dirá si alguna vez podrán volver a la Tierra y vencerles.
