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Mientras que el SG-1 participa en la ejecución de Baal, el último de los Señores del Sistema Goa'uld, Teal'c y Vala desaparecen inexplicablemente en el aire. Carter, Daniel y Mitchell corren de regreso a un mundo en el que ha cambiado la historia: el programa Stargate ha sido borrado de la línea de tiempo. A medida que tratan de convencer a las autoridades de lo que ha pasado, llega a la órbita una flota de naves nodrizas Goa'uld dirigida por Baal, su reina, Qetesh (Vala), y su primado, Teal'c. El SG-1 debe encontrar el Stargate y arreglar las cosas antes de que el mundo sea esclavizado por los Goa'uld.
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Mientras el SG-1 busca un artefacto antiguo con el que esperan poder derrotar a los ejércitos de los Ori, descubren que más naves Ori están a punto de ser enviadas a través del SuperStargate para lanzar un asalto final sobre la Tierra. Daniel descubre que un artefacto, el Arca de la Verdad, puede estar en la galaxia Ori, y el SG-1 se embarca a bordo del Odyssey para encontrarlo y dificultar el ataque. El IOA tiene un plan propio y el SG-1 termina en una galaxia distante luchando contra dos enemigos poderosos.
