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En el Bosque de Okoya, Koko es un niño salvaje que ha sido criado como Pokémon por el Pokémon Mítico Zarude. Koko ha crecido sin dudar nunca de que es un Pokémon a pesar de que realmente no puede usar ningún tipo de movimiento. Ash Ketchum y Pikachu conocen a Koko y lo ayudan a proteger el Gran Árbol del científico corrupto Dr. Zed.
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The three brothers discover that the human experiment banned after destroying the "Orochi", is still going on to secretly revive the evil snake. They also find out that some ex-members of the Yamainu (the Japanese military unit formed to kill the snake) are behind this conspiracy. The brothers fight together again in a battle against the military.
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Una serie de historias paralelas de la serie Donten ni Warau. Algunas de las historias tienen lugar antes y algunas después del final de la serie principal.
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El momento es el final de la era Samurai (Edo) y el nuevo gobierno Meiji se fundó en Japón. Tres hermanos jóvenes, Tenka, Soramaru y Chutaro, que son los guardianes del santuario de Kumou, se ponen de pie para evitar que el "Orochi" vuelva a la vida cada 300 años para salvar al país. Es un año después de la gran batalla contra el "Orochi" (serpiente gigante). La verdad detrás de la maldición, la razón detrás de la disputa entre Tenka y Kumou, y la historia de la muerte de sus padres se revela por primera vez.
