The older boys are graduating school and recount their memories together. The next day everyone defends the graduation ceremony against Zundar and Dadacha's Second-Button Monster, but Yumoto struggles using his love power.
Ash, May/Aura, Max y Brock son invitados por el Profesor Johns a su castillo para ver su nuevo sistema de batalla. Al llegar Ash, May/Aura, Max y Brock se encuentran al Profesor Oak, el cual vino en cuanto supo que el Profesor Johns había terminado su investigación, y a Misty que fue invitada como Ash. Al entrar al castillo ven unas pequeñas cúpulas negras en el suelo. Entonces aparece el Profesor Johns, quien les dice que les va a mostrar su sistema de combate Espejismo. Especial de la serie Pokémon creado para conmemorar el décimo aniversario de la saga.
Ash y compañía llegan al pueblo de Rohta, donde la leyenda del héroe guiado por las ondas ha sido transmitida de generación en generación. Un festival se está celebrando en el castillo Oldoran en honor al Héroe Aaron, quien hace siglos detuvo una terrible guerra entre los "Rojos" y los "Verdes" (dos ejércitos Pokemon) usando el poder del árbol del Genesis. Entre los festejos, hay una especie de torneo Pokemon para decidir quien será el Héroe Guiado por las ondas del año, y Ash lo gana. Sin embargo, la alegría es interrumpida cuando Mew aparece de la nada y rapta a Pikachu.
El profesor Spencer Hale, un concienzudo investigador de los Pokémon, ha estado trabajando muy duro para conocer los secretos de un misterioso Pokémon llamado los Unown. Los Unown aparecen como 26 entidades individuales con las formas de letras del alfabeto. Tienen la capacidad de leer los sueños, pensamientos y emociones humanos y hacerlos realidad, pero un tipo especial de realidad. Mientras está trabajando, el profesor es repentinamente arrastrado a otro mundo, del mismo modo en que desapareció su esposa dos años antes mientras investigaba el misterio de los Unown. Su hija pequeña, Molly, está ahora completamente sola en la casa de los Hale sin su madre ni su padre, y sin nadie que la consuele. Angustiada, Molly sólo sueña con reunirse con su padre. Los Unown se dan cuenta de su soledad y transforman su simple deseo en acción, rodeando la casa de los Hale con un colosal muro de cristal y creando un mundo imaginario en su interior donde Molly puede ver cumplido su mayor deseo.
Segunda entrega del famoso videojuego japonés. Ash Ketchum, Pokémon y sus amigos llegan a la isla de Shamouti, y allí se transformarán en los protagonistas de una leyenda reencarnada; el equilibrio de la naturaleza representado por las tres poderosas aves Moltres (que domina el fuego), Zapdos (que representa los relámpagos) y Articuno (que conserva el hielo). Cuando Moltres resulta secuestrada según la profecía sólo un humano podrá salvarla.
