The older boys are graduating school and recount their memories together. The next day everyone defends the graduation ceremony against Zundar and Dadacha's Second-Button Monster, but Yumoto struggles using his love power.
The story of "The Mastermind of Mirage Pokémon" centers on a Pokémon scientist who has developed a new Mirage System to resurrect extinct Pokémon. Satoshi, Haruka, Masato, and Takeshi show up at the Mirage Mansion for a demonstration of this new machine, only to witness the kidnapping of the scientist! Then a mysterious stranger appears and claims that the machine can actually create Pokémon without weaknesses. It’s up to Satoshi and company to preserve the natural balance of the Pokémon world.
「파동전설」이야기가 전해져 내려오고 있는 로타마을에서 수백년전 「세계가 시작하는 나무」의 힘으로 싸움을 멈춘 「파동의 용사 아론」을 기리는 축제가 한창이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 포켓몬 시합에 나가 치열한 싸움끝에 멋지게 우승하여 「파동의 용사」가 되어 아론의 자팡이를 상으로 받는다. 그런데 그때 지팡이의 돌 장식이 빛을 내면서 봉인되었던 「루카리오」가 나타난다. 지우 일행은 피카츄를 데려간 「뮤」를 찾기 위해 루카리오와 함께 「세계가 시작하는 나무」를 향해 여행을 떠난다.
여행 중, 포켓몬 트레이너 「린」을 만난 지우 일행은 시합으로 지친 포켓몬을 쉬게 하려고 가장 가까운 포켓몬센터가 있는 마을로 향한다. 마을의 이름은 그린필드. 마음에 평안을 주는 녹색의 리조트 지대였을 터이지만... 그린필드 거대한 집에서 혼자 살고 있는 소녀 「미이」. 어느 날 밤 행방불명 된 아버지 「쉬리」가 남긴 기묘한 문자의 카드를 나열하던 것이 계기가 되어, 수수께끼의 포켓몬 「안농」이 나타난다. 그리고 그린필드는 순식간에 결정으로 뒤덮여간다. 그 때 갑작스런 결정화에 놀라는 지우 일행 앞에 나타난 것은 전설의 포켓몬 「앤테이」. 어째선지 앤테이는 지우의 엄마를 결정탑으로 데려가버린다. 앤테이를 아빠라고 부르는 미이였지만, 과연 쉬리는 앤테이가 되어버린 것일까? 지우는 엄마를 데려올 수 있을까? 사랑과 용기와 가족의 유대를 그린 포켓몬 어드벤처!
오렌지제도를 여행하던 지우 일행. 그들 앞에 의문의 수집가 「라단」이 나타나 불의 신이라고 불리는 「특별한 파이어」를 붙잡아 버린다. 그것이 원인이 되어 자연계의 균형은 망가지고, 세계에는 천재지변이 일어나기 시작한다. 지우 일행은 세계를 구할 수 있을 것인가... 그리고 이 순간에 나타난 환상의 포켓몬 「루기아」는 과연 적인가 아군인가?!
