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Shinnosuke y Himawari están peleando por un flan de caramelo desaparecido. Enfadado, Shinnosuke grita: "¡¿Quién dijo que siempre quise una hermanita?!". Entonces, un hombre misterioso aparece de la nada y le dice que se llevaría a su hermana si puede cantar una canción. Sin dudarlo, Shinnosuke canta lo que el extraño hombre le pide y, de repente, aparece un gran ovni en frente de su casa. Por desgracia, toda la familia Nohara es secuestrada por el ovni y transportada al planeta hermano de la Tierra, el planeta HIMAWARI.Finalmente, entendieron la naturaleza de esa canción. Era un contrato para otorgar a Himawari y que se convierta en la princesa de ese planeta, y así realizarsu última misión secreta:salvar a la Tierra de la destrucción. ¿Qué puede hacer Shinnosuke para salvar su familia, su hermanita y la Tierra?
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El mundo del futuro está dominado por el ambicioso Dinerales, dueño de la corporación eléctrica Dinerales., que se ha apoderado de toda la luz del planeta. Un Shinnosuke adulto intenta detenerle con la ayuda de su novia Tamiko, a quien envía al pasado para que le traiga lo que necesita para derrotar a su enemigo: a sí mismo cuando tenía cinco años. En el presente, Shin chan y sus amigos juegan en el parque a qué serán de mayores, cuando Tamiko aparece de pronto y declara ser la novia del Shin chan del futuro. Tamiko se lleva a Shin chan a su tiempo sin darse cuenta de que arrastra al resto de niños con ellos, con lo que Kazama, Nené, Masao y Bo-chan aparecen en un punto distinto de la ciudad futura, confundidos por cómo ha cambiado todo.
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En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".
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Sophie es una joven de 18 años que trabaja sin descanso en la tienda de sombreros de la familia. En uno de sus frecuentes paseos conoce al enigmático mago Howl, lo que despierta la ira de la Bruja del Páramo, que odia a Howl con todas sus fuerzas. Cuando Sophie vuelve a la tienda, la Bruja se hace pasar por una clienta para acercarse a ella y lanzarle un hechizo… ¡que convierte a Sophie en una anciana de 90 años! Sophie, que no puede revelar su auténtica identidad, recurre a Howl para buscar una solución a su problema. Para ello se embarca en un viaje fantástico en el castillo ambulante del mago, habitado por personajes de lo más curioso. Sophie necesita ayuda pero quizás sea Howl el que realmente está en apuros.
