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Una película realizada por los mismos creadores del anime AnoHana. Siendo pequeña, Jun provocó accidentalmente una situación que terminó por separar a su familia. Fue entonces cuando se le apareció un hada en forma de huevo y selló sus palabras, evitando así que pudiera herir nunca a nadie más con ellas. Desde entonces, esta traumática experiencia ha empujado a Jun a vivir a la sombra de los demás y a encerrarse en sí misma. Sin embargo, lo que no sabe es que su vida dará un giro de 180 grados el día en que sale elegida como miembro ejecutivo del "Consejo estudiantil", donde además le tocará interpretar el papel principal en el musical del instituto.
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Después de descubrir el rostro de su verdadero enemigo, alguien que está relacionado con Akito y es responsable del Geass que se le ha impuesto, W-0 intenta regresar a su base en Castle Weisswolf. Sin embargo, varados en Varsovia debido a una complicación relacionada con su identificación militar, se ven obligados a aceptar la ayuda de los gitanos locales, lo que permite al escuadrón tomarse un tiempo para profundizar sus vínculos. Mientras tanto, el asesor británico Julius Kingsley y su guardia Suzaku Kururugi comienzan a trabajar junto con los Caballeros de San Miguel para aplastar a la resistencia europea de una vez por todas, armados con el poder destructivo de un arma gigante conocida como Ark Fleet.
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Continúa la guerra entre Euro Britannia y la Unión Europea. Se dan nuevas órdenes a la Unidad W-0. Aterrizar en medio del territorio enemigo como diversión. Los pilotos de la Unidad W-0 consisten solo en el oficial al mando, Leila, los únicos japoneses sobrevivientes de su última batalla, Akito, y los tres que escaparon de los guetos Once y vivieron en el inframundo, Ryou, Yukiya y Ayano. Con todos manteniendo sus respectivas expectativas, la operación avanza. En el otro lado de Euro Britannia, Shin, quien hizo que su benefactor se suicidara con el misterioso poder de "Geass", es nombrado líder de los Caballeros de San Miguel. Mientras Shin avanza constantemente por el bien de su propia ambición, él y sus subordinados en el escuadrón Ashura reciben órdenes de desplegarse. El que vive para luchar y el que lucha para vivir.
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En el día en que Touma Kamijou e Index ven el ascensor espacial de Ciudad Academia, Endymion en la distancia, se encuentran con una chica de nivel 0 con una increíble voz para cantar, Arisa Meigo. Mientras los tres disfrutan de su tiempo juntos después de la escuela, el mago Stiyl Magnus los ataca de repente. Su objetivo: Arisa. Touma se pregunta por qué una chica del lado de la ciencia sería el objetivo de alguien del lado mágico. En el caos del ataque de Stiyl, él le dice a Touma, Index y Arisa que ella podría causar una guerra entre el lado mágico y el lado científico.
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La historia paralela tiene lugar en 2017 a.t.b., entre el surgimiento de la organización "Black Knights" y el regreso del supuestamente "muerto" Zero. El escenario está en Europa, donde las naciones aliadas de la Unión Europea (UE) están siendo invadidas por las abrumadoras fuerzas del Sacro Imperio Británico. Al borde de la derrota, la UE El ejército forma una unidad especial conocida como "W-0", de la cual es miembro un joven piloto llamado Akito Hyuga. Leila Malkal, una ex aristócrata británica, acude en ayuda de la UE, al mando del cuerpo de caballeros "Wyvern" compuesto por adolescentes japoneses. Se sumergen imprudentemente en un campo de batalla, donde la tasa de supervivencia es extremadamente baja, solo alrededor del 5%. Luchan por su libertad y por un "hogar" al que puedan regresar.
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La historia transcurre en una ciudad ubicada dentro de la región de Kantou. Allí reside Tandouji Arma, quien vive una vida solitaria. Un día, aparece una chica llamada Ruri Aiba quien le pide ayuda, ya que el poder de los Sacred Seven reside dentro de Arma. Sin embargo, Arma le da la espalda. En el pasado, Arma había hecho daño a las personas con ese poder, desde ese momento, él había renunciado a usarlo. Pero cuando la tranquila ciudad es atacada por un monstruo, Arma decide utilizar el Sacred Seven. Sin embargo, sus poderes se vuelven incontrolables y la situación se vuelve aún más grave. En ese momento, Ruri viene en su ayuda, así luego de vencerlo, con unos nuevos poderes otorgados por Ruri, Arma comienza a utilizar estos para combatir a los Darkstones (Sacred Seven que han perdido el control), así como otros enemigos que iran apareciendo en su camino.