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Un momento de descanso de la feroz batalla con Ainsworth. Ilya y los demás que rescataron a Miyu son informados por Shiro Emiya del mundo paralelo sobre el pasado de Miyu y la Guerra de la Copa Sagrada que ocurrió en este mundo. Era el triste destino de Miyu, y era la historia de una feroz batalla que su hermano Shiro libró por la vida de Miyu. Ainsworth sacrifica a Miyu para salvar a la humanidad. Shiro decide convertirse en el enemigo del mundo para Miyu. Ilya promete proteger todo en dos justicias en conflicto. 'Ayudaré. ¡Decidí encontrar una manera de ayudar a todos!' Para crear un mañana en el que puedas reír con tus seres queridos―.. ¡La batalla de las chicas mágicas comienza de nuevo...!
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Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Hace 15 años el carguero 'Yashiromaru I' se hundió al norte del Océano Atlántico tras chocar contra un iceberg. El trágico accidente provocó conmoción en su tiempo. Conan y compañía resultan invitados al viaje inaugural del Aphrodite, un nuevo crucero de lujo que recorrerá el Pacífico. Una serie de asesinatos convierte el viaje en una pesadilla que aterroriza a los tripulantes por lo que Conan y sus amigos deberán frenar y resolver la situación.
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Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?
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Un hombre enmascarado con katana y arco ha matado a un hombre en Tokyo, aparentemente también ha sucedido lo mismo en Kyoto y Osaka. Por este motivo llaman a Kogoro para resolver el caso, acompañado de Conan y Ran. Además al grupo también se unirá Heiji, quién conocerá a su primer amor. (FILMAFFINITY)
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Luffy y la tripulación llegan al puerto de Anabaru. El casino local patrocina una competición en la que el ganador obtendrá una enorme recompensa monetaria si él alcanza la línea de llegada primero. Nami esta eufórica y decide participar en la competición. Sin embargo, hay una conspiración que esta tras la competición y el cerebro es un comandante ex-militar, Gasparde. Su plan es de atraer a todos los piratas a la base militar y enviarles a la muerte. Luffy y sus compañeros tienen que vencer numerosas pruebas y tribulaciones a lo largo de esta aventura para completar este callejón sin salida.
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Conan es invitado junto con sus amigos a una fiesta donde se está presentando un nuevo videojuego de realidad virtual. Pero durante la presentación sucede un asesinato y por si fuera poco parece ser que los niños se quedan atrapados en el juego. Así pues, Conan se verá obligado a ir dentro del juego para averiguar quien ha sido el asesino con la ayuda del famoso personaje Sherlock Holmes y también para rescatar las vidas de los niños.