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The three brothers discover that the human experiment banned after destroying the "Orochi", is still going on to secretly revive the evil snake. They also find out that some ex-members of the Yamainu (the Japanese military unit formed to kill the snake) are behind this conspiracy. The brothers fight together again in a battle against the military.
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El momento es el final de la era Samurai (Edo) y el nuevo gobierno Meiji se fundó en Japón. Tres hermanos jóvenes, Tenka, Soramaru y Chutaro, que son los guardianes del santuario de Kumou, se ponen de pie para evitar que el "Orochi" vuelva a la vida cada 300 años para salvar al país. Es un año después de la gran batalla contra el "Orochi" (serpiente gigante). La verdad detrás de la maldición, la razón detrás de la disputa entre Tenka y Kumou, y la historia de la muerte de sus padres se revela por primera vez.
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Los mafiosos violan a una adolescente, Fujino Asagami, en un bar abandonado. Mikiya Kokutō la encuentra inconsciente y la lleva a su apartamento. Cuando Mikiya se despierta a la mañana siguiente, se da cuenta de que Fujino ya se ha ido. Las noticias informan sobre varias víctimas de asesinato desmembradas en un bar abandonado. Más tarde, en Garan no Dou, Tōko habla con Shiki Ryōgi sobre los asesinatos recientes y le pide que capture a un sospechoso para un cliente. Shiki, segura de que reconocerá al sospechoso a la vista, se va sin leer el expediente del sospechoso. Mientras tanto, Mikiya le pide dinero a su amigo Gakutō. Gakutō acepta con la condición de que Mikiya lo ayude a encontrar un amigo en común, Keita Minato.
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Nota: los eventos de la película se presentan al espectador en formato no lineal. Esta sección describe los eventos en orden cronológico. En septiembre de 1998, la taciturna Shiki Ryōgi vive sola en un apartamento apenas amueblado donde suele visitarla un amigo cercano, Mikiya Kokutō. Un día, él la visita y le ofrece a Shiki helado Haagen-Dazs con sabor a fresa. Los dos se involucran en bromas amistosas. Más tarde, Shiki habla sobre una serie de suicidios que involucran a varias chicas de secundaria con el mago Tōko Aozaki, director de Garan no Dou (伽藍 の堂, Hollow Shrine), una agencia de detectives (de la cual Shiki y Mikiya son empleados) que se especializa en sucesos paranormales.
