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Desde la desaparición del emperador más malvado de Britannia, hace un año, el mundo ha disfrutado de una paz sin precedentes bajo la dirección de la Unión Federativa de Naciones. Sin embargo, esta calma se termina abruptamente cuando los militantes armados secuestran a la ex princesa Nunnally vi Britannia y Suzaku Kururugi, el asesor principal de los Caballeros Negros, lo que desencadena una crisis internacional. El poderoso y poco confiable Reino de Zilkhstan es acusado de orquestar su captura. Para investigar a fondo los hechos, las autoridades mundiales envían a Kallen Stadtfeld y sus asociados en una operación encubierta al país. Allí, se encuentran con la bruja inmortal C.C., quien se encuentra en una misión para completar la resurrección del hombre responsable de la mayor revolución de la historia: una leyenda que se levantará, tomará el mando y buscará salvar al mundo del peligro una vez más.
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La historia transcurre en una ciudad ubicada dentro de la región de Kantou. Allí reside Tandouji Arma, quien vive una vida solitaria. Un día, aparece una chica llamada Ruri Aiba quien le pide ayuda, ya que el poder de los Sacred Seven reside dentro de Arma. Sin embargo, Arma le da la espalda. En el pasado, Arma había hecho daño a las personas con ese poder, desde ese momento, él había renunciado a usarlo. Pero cuando la tranquila ciudad es atacada por un monstruo, Arma decide utilizar el Sacred Seven. Sin embargo, sus poderes se vuelven incontrolables y la situación se vuelve aún más grave. En ese momento, Ruri viene en su ayuda, así luego de vencerlo, con unos nuevos poderes otorgados por Ruri, Arma comienza a utilizar estos para combatir a los Darkstones (Sacred Seven que han perdido el control), así como otros enemigos que iran apareciendo en su camino.
