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Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.
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La carrera de la cantante Ranka va en alza, mientras Sheryl va en caída, junto con su estado de salud. Al mismo tiempo, las facciones separadas están maniobrando detrás de escenas, buscando controlar la horda Vajra mediante el canto de las dos cantoras. Toda la flota Macross Frontier comienza a librar su guerra final sobre los Alienigenas, Alto Saotome finalmente hace una elección entre Ranka y Sheryl.
