Algo peligroso es robado de un laboratorio por una misteriosa organización, el grupo terrorista 'El siamés rojo', y amenazan con volver a aparecer en siete días. Mientras tanto, Jirokichi Suzuki acaba de terminar el dirigible más grande del mundo, el 'Bell Tree II', el gran proyecto para poder capturar a su rival, Kaito Kid. Kid responde al reto y los medios están al tanto de esta batalla que tiene como escenario el cielo. En el dirigible viajan el inspector Nakamori, Kogoro, Ran, Conan y la liga juvenil, invitados de Jirokichi, y también algunos reporteros.
Los miembros de la comisaría de policía del parque Kameari van de vacaciones a Hawaii. Cuando llegan a Hawaii, Ryotsu Kankichi cree haber visto a un antiguo amigo que creía muerto, y cuando empieza a investigar el asunto junto con sus compañeros, descubren un plan terrorista de usar una máquina gigante con forma de platillo volante que provoca terroríficos tornados. Secuela de "Kochikame: The Movie".
Un hombre enmascarado con katana y arco ha matado a un hombre en Tokyo, aparentemente también ha sucedido lo mismo en Kyoto y Osaka. Por este motivo llaman a Kogoro para resolver el caso, acompañado de Conan y Ran. Además al grupo también se unirá Heiji, quién conocerá a su primer amor. (FILMAFFINITY)
La película comienza cuando nuestro grupo de aventureros logra derrotar a Naraku. Es entonces cuando Kagura y Kanna (las sirvientes de Naraku) al sentir la muerte de su amo deciden invocar a Kaguya la Princesa de los Cielos para que les muestre la verdadera libertad, pero para eso necesitan una serie de objetos que la liberen del espejo donde se encuentra.
