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Un protagonista anónimo encuentra un diario en un hospital. El diario pertenece a su compañera de clase, una niña llamada Sakura Yamauchi, quien se revela que padece una enfermedad terminal en el páncreas y que solo le quedan unos pocos meses de vida. Sakura explica que la protagonista es la única persona aparte de su familia que conoce su condición. El protagonista promete mantener el secreto de Sakura. A pesar de sus personalidades completamente opuestas, la protagonista decide estar junto a Sakura durante sus últimos meses.
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Después de descubrir el rostro de su verdadero enemigo, alguien que está relacionado con Akito y es responsable del Geass que se le ha impuesto, W-0 intenta regresar a su base en Castle Weisswolf. Sin embargo, varados en Varsovia debido a una complicación relacionada con su identificación militar, se ven obligados a aceptar la ayuda de los gitanos locales, lo que permite al escuadrón tomarse un tiempo para profundizar sus vínculos. Mientras tanto, el asesor británico Julius Kingsley y su guardia Suzaku Kururugi comienzan a trabajar junto con los Caballeros de San Miguel para aplastar a la resistencia europea de una vez por todas, armados con el poder destructivo de un arma gigante conocida como Ark Fleet.
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Continúa la guerra entre Euro Britannia y la Unión Europea. Se dan nuevas órdenes a la Unidad W-0. Aterrizar en medio del territorio enemigo como diversión. Los pilotos de la Unidad W-0 consisten solo en el oficial al mando, Leila, los únicos japoneses sobrevivientes de su última batalla, Akito, y los tres que escaparon de los guetos Once y vivieron en el inframundo, Ryou, Yukiya y Ayano. Con todos manteniendo sus respectivas expectativas, la operación avanza. En el otro lado de Euro Britannia, Shin, quien hizo que su benefactor se suicidara con el misterioso poder de "Geass", es nombrado líder de los Caballeros de San Miguel. Mientras Shin avanza constantemente por el bien de su propia ambición, él y sus subordinados en el escuadrón Ashura reciben órdenes de desplegarse. El que vive para luchar y el que lucha para vivir.
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La historia paralela tiene lugar en 2017 a.t.b., entre el surgimiento de la organización "Black Knights" y el regreso del supuestamente "muerto" Zero. El escenario está en Europa, donde las naciones aliadas de la Unión Europea (UE) están siendo invadidas por las abrumadoras fuerzas del Sacro Imperio Británico. Al borde de la derrota, la UE El ejército forma una unidad especial conocida como "W-0", de la cual es miembro un joven piloto llamado Akito Hyuga. Leila Malkal, una ex aristócrata británica, acude en ayuda de la UE, al mando del cuerpo de caballeros "Wyvern" compuesto por adolescentes japoneses. Se sumergen imprudentemente en un campo de batalla, donde la tasa de supervivencia es extremadamente baja, solo alrededor del 5%. Luchan por su libertad y por un "hogar" al que puedan regresar.
