Yoshiko Inada

主人公である「僕」が病院で偶然拾った1冊の「共病文庫」というタイトルの文庫本。それは「僕」のクラスメイトである山内桜良 (やまうち さくら) が綴っていた、秘密の日記帳であり、彼女の余命が膵臓の病気により、もう長くはないことが記されていた。「僕」はその本の中身を興味本位で覗いたことにより、身内以外で唯一桜良の病気を知る人物となる。

任務を遂行して帰還するアギトたちワイバァン隊だったが、ある者の策略でID登録を抹消されたために駐屯地に入ることができなくなってしまう。当てもなくさまよう彼らは、旅の生活を続けている老婆の集団と過ごすことになる。つかの間の休息を取りながら、アキトやレイラらは、お互いの過去や素性について知っていくように。一方、ユーロ・ブリタニアに謎多き軍師ジュリアス・キングスレイが着任。シン・ヒュウガ・シャイングは、対ユーロピア戦線を指揮する彼の姿を静観しつつ、自身の野望を達成すべく動き始めようとしていた。

激化の一途をたどる、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合の戦争。劣勢を強いられているユーロピア共和国連合軍は、ユーロ・ブリタニアの日本占領で国を失った少年少女を集めた特殊部隊wZEROに、陽動を目的とした敵中降下命令を下す。しかし、部隊のメンバーは隊長のレイラや日向アキトを筆頭に、5人しか残されていなかった。そのころ、ユーロ・ブリタニアではギアスという謎めいた力を用いて恩人を自死に向かわせたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥となる。さらに、彼と配下のアシュラ隊に出動せよという指令が……。

皇暦2017年。日本ではルルーシュが大国ブリタニア帝国への反抗を繰り広げているころ、ヨーロッパ連合国E.U.もまたブリタニアの侵攻に圧倒されていた。そこでE.U.軍は特殊部隊「W-0」を編成。中でも元ブリタニアの貴族の少女レイラ・マルカルを司令官にパイロットの日向アキトら日本人の少年少女たちから成るナイトメア部隊は、生還の可能性の低い戦いに送り込まれる。