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La historia comienza un mes después del inicio del incidente de Sword Art Online. De las 10,000 personas atrapadas al principio, 2,000 ya han sucumbido y el primer jefe ni siquiera ha sido derrotado aún. Poco a poco, los jugadores pierden la esperanza, pero un grupo decide darlo todo e ir a desafiar al jefe en el primer piso. Es en esta ocasión Kirito y Asuna se encontrarán por primera vez.
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En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer amor, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: una en la escuela secundaria y otra que se ha convertido en una adulta. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con las dos Shouko, la versión adulta causa una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la otra Shouko de escuela secundaria sufre de una enfermedad grave y su cicatriz comienza a latir ...
