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Shizuka, Gigante y Suneo, junto con Doraemon en medio del caluroso verano, se dispusieron a planificar un viaje al Caribe. Nobita se convierte en el capitán y lucha contra el enemigo a bordo. Shizuka es secuestrada en medio de una tormenta. Los Mini Dora ayudan. Finalmente, cuando llegan los aventureros, descubren que la misteriosa isla del tesoro no es una isla normal.
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Marika Katou, estudiante de tercer año en la Academia de Chicas Hakuho, es un pirata espacial legítimo con una carta de marca. Entre sus estudios, dirigiendo el club de yates de su escuela, trabajando a tiempo parcial en el Café Lamp y siendo el capitán del barco pirata espacial Bentenmaru, los días de Marika están muy ocupados. Un día, Marika consigue un trabajo para robar un barco de pasajeros de clase alta, y descubre que en la lista de pasajeros está Kanata Mugen, un muchacho que posee un "paso de la galaxia". Así, comienza una aventura con una carrera hiperespacial entre piratas y un joven.
