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La historia comienza un mes después del inicio del incidente de Sword Art Online. De las 10,000 personas atrapadas al principio, 2,000 ya han sucumbido y el primer jefe ni siquiera ha sido derrotado aún. Poco a poco, los jugadores pierden la esperanza, pero un grupo decide darlo todo e ir a desafiar al jefe en el primer piso. Es en esta ocasión Kirito y Asuna se encontrarán por primera vez.
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Cuando Sakura es poseída por la sombra, Shirou arriesga su propio cuerpo y mente para salvarla deteniendo el Santo Grial contaminado, enfrentándose a su ahora corrompido Servant Saber en el proceso. Aliados con el sacerdote rebelde Kirei Kotomine, su compañero competidor Illyasviel von Einzbern y el servant Rider desplazado de Sakura, Shirou y Rin entran en una carrera contrarreloj para rescatar a Sakura de la locura y poner fin a la Guerra del Santo Grial de una vez por todas, antes de que el Grial corrupto pueda provocar. El fin del mundo.
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Cuando murieron sus padres hace 13 años, Akane se quedó en su pueblo natal para cuidar de su hermana pequeña Aoi. Para aliviar la carga que supone para Akane cuidarla sola, Aoi quiere mudarse a Tokio tras graduarse e iniciar allí su carrera musical, inspirada por el antiguo novio de Akane, Shinnosuke "Shinno" Kanamuro. Shinno formaba parte de una banda hasta que se mudó a Tokyo siguiendo su sueño de convertirse en guitarrista profesional. Una tarde, mientras Aoi practica con su bajo en una antigua casa de huéspedes, se sorprende al encontrarse con el Shinno de hace 13 años, al mismo tiempo que su versión actual llega a la ciudad como miembro de la banda de un cantante de enka que ha sido invitado para actuar en un festival musical.
