Tras el incidente en la Unión del Sudeste Asiático (SEAUn) en 2116, Shinya Kogami reanuda su viaje de vagabundeo. En una pequeña nación del sur de Asia, Kogami rescata a un autobús de refugiados atacados por las fuerzas armadas de la guerrilla. Entre los refugiados hay una joven llamada Tenzin, que ruega a Kogami que le enseñe a tomar represalias contra el enemigo. ¿Qué ven la chica que desea vengarse y el hombre que se ha vengado mientras contemplan el borde de un mundo del que no hay escapatoria?
La película es secuela de Ia serie de televisión, después de que Kuroko y Kagami pasan a ser estudiantes de segundo año. Un equipo americano de baloncesto callejero (“street basket”) llamado Jabberwock, viaja a Japón para jugar un -partido amistoso con un equipo japonés, pero tras una apabullante derrota del equipo local, los miembros del Jabberwock se mofan del baloncesto japonés. Esto causa el enfado del padre de Riko, que decidirá reunir al equipo titular de la Generación de los Milagros más Kuroko y Kagami. EI equipo se llamará Vorpal Swords, y tendrá que encargarse de realizar un partido de revancha contra Jabberwock